En 1531 y 1532 aparecieron dos obras suyas en las que intentó dilucidar las cuestiones teológicas relativas a la Santísima Trinidad, y abogó por una visión muy personal que consideraba a Jesús como una divinidad deseada por el Padre y, en consecuencia, con un origen simultáneo al acto físico del nacimiento. Esta concepción, inmediato precedente del unitarismo, le enfrentó tanto a los católicos como a los protestantes, viéndose obligado a publicar una formulación revisada de la misma apenas un año después.
En 1537 se matriculó en la Universidad de París para estudiar medicina, pero un tratado de astrología en el que defendía la influencia de las estrellas en la salud humana lo enfrentó a la comunidad médica profesional. Su amistad personal con el arzobispo de Vienne le permitió entrar a su servicio como médico personal.